دولتها و حکومت ها اهداف، سیاست و بر نامه های خود را اعم از بلند مدت و میان مدت به کمک سازمان ها و دستگاههای اجرایی، آن هم در چارچوب وظایف و ماموریت محوله در قالب برنامه ریزی و بودجه ریزی تعقیب می کنند. از آنجا که هدایت و حمایت از پیشرفت علوم و فنون در ایران جزء وظایف و ماموریت محوله وزارت علوم، تحقیقات و فن آوری است لذا تامین منابع مالی و اعتباری برنامه های آموزشی و پژوهشی کشور از یک طرف و شناسایی و برآورد نیازهای علمی کشور از طرفی دیگر و اجرای بودجه مصوب از طرف سوم مهمترین دغدغه های دولت در راستای تعقیب و تحقق رشد و توسعه کشور می باشد. این پژوهش با مطالعه علل مغایرت بودجه عملکردی در مقایسه با بودجه مصوب وزارتخانه مذکور سعی دارد تاثیر و نقش عوامل مدیریتی، اقتصادی، اجرایی و قانونی را در این مغایرت بررسی و تعیین بکند تا بتواند با شناسایی و درجه بندی میزان تاثیر آنها، موجبات افزایش کارایی و اثر بخشی سازمانی را فراهم نماید. پژوهش حاضر از لحاظ روش، توصیفی–پیمایشی و از لحاظ هدف ،کاربردی است. نتایج نشان می دهد عوامل قانونی بیشترین و عوامل اقتصادی کمترین تاثیر و نقش را در مغایرت بودجه ای (بودجه مصوب با بودجه عملکردی) در طول برنامه چهارم توسعه در وزارت علوم، تحقیقات و فن آوری داشته است.