در دهه پنجاه میلادی بولدینگ عالم علم سیستمها، در طبقه بندی نه گانه خود، پیامی هشداردهنده را به پژوهشگران و اندیشمندان علوم انسانی و اجتماعی ارائه داد که در آن زمان توجه چندانی به آن نشد. او در مقاله خود تحت عنوان "تئوری عمومی سیستمها" به لزوم تناسب ابزارهای پژوهش و موضوع پژوهش اشاره کرد و متذکر شد که زمانی می توانیم به شناخت درست پدیده ها در هر سطح نائل شویم که ابزار مناسب همان سطح را بکار گرفته باشیم، به زعم او ابزارهای پژوهش در سطح دوم و سوم ثابت مانده اند و با استفاده از آنها انسان و سازمان که موضوعات سطح هفتم و هشتم از نظر پیچیدگی می باشند مورد پژوهش قرار می گیرند. بدیهی است که نتیجه چنین پژوهشی دستخوش نقص و کاستی بسیار خواهد بود. طبقه بندی بولدینگ یا به اصطلاح وی سیستم سیستمها تمامی پدیده های موجود را از نظر پیچیدگی در سطوحی نه گانه قرار داده وبرای هر طبقه ویژگیهایی در نظر گرفته است که طبقه بندی وی را از سایر طبقه بندی های سیستمها متمایز و ممتاز می سازد. در این طبقه بندی ویژگیهای طبقه زیرین در طبقه برین موجود است، ضمن آنکه در آن طبقه ویژگیهای جدیدی نیز قرار دارند. سطح نهم سطح ناشناخته هاست که از نظر پیچیدگی هنوز برای بشر شناخته نشده است و سطح هشتم سطح مجموعه های انسانی، گروه ها و سازمانهای اجتماعی است که از مجموعه انسانها در سطح هفتم تشکیل شده است و سایرسطوح: حیوان، نبات، تک یاخته، سایبرنتیک، ساختارهای پویا و ساختارهای ایستا هستند. شیوه های متداول پژوهش که از علوم طبیعی گرفته شده اند براساس سیستمهای مبتنی بر بازخور (سطح سوم) شکل گرفته اند و به آنچه متعلق به سطوح بالاتر است همانند سنگ و آهن می نگرند و از توجه به روح و اراده آدمی در سطوح هفتم و هشتم غفلت می کنند. انسان موجودی است ذی شعور و دارای اراده و حق انتخاب و "عمل" او را نمی توان «رفتاری» قلمداد کرد که صرفاً بر اثر محرکهای بیرونی حاصل شده است.ویلهلم دیلتای نیز بین علوم اجتماعی و علوم طبیعی تفاوت قائل شده است. به زعم وی هدف علوم طبیعی ایجاد رابطه علت و معلولی میان متغیرها و تبیین رخدادهای بیرونی است، در حالیکه هدف علوم اجتماعی و علوم انسانی درک معانی اعمال انسانی است. بدین ترتیب این دوازشاخه علم باید از دو شیوه پژوهش متفاوت استفاده کند.هابرماس نیز تفاوت میان علوم اجتماعی و علوم طبیعی را متذکر شده و ادعا می کند که اگر روشهای علوم طبیعی را در علوم اجتماعی به کار ببریم، علوم اجتماعی را تا حد تکنولوژی اجتماعی تقلیل داده ایم و با این شیوه علوم اجتماعی را آنچنان محدود ساخته ایم که درک واقعی آن امکان پذیر نخواهد بود. در پدیدارشناسی نیز تحویل و تقلیل علوم انسانی به علوم طبیعی نفی شده است و هرگونه تلاشی در جهت تعمیم گرایشهای فیزیکی به روانشناسی انسان و بطور کلی علوم انسانی عبث تلقی شده است. ناتوانی روشهای علوم طبیعی در شناخت روان انسان مسأله ای نیست که با توسعه روشهای دقیق تر در علوم طبیعی جبران شود. به عبارت دیگر، راه شناخت انسان از راه شناخت طبیعت جداست و باید در روشهای پژوهش علوم انسانی نوعی فیزیک زدایی انجام گیرد. این تفکر که واقعیت همانا دستاورد تجربه های عینی است و عینی بودن معیار واقعی بودن است، اندیشه ای ناصواب و خطاست.پیشفرضهای اثبات گرایانه که براساس استقراهای جزئی و عینی استوار شده اند قابل قبول نبوده و نمی توانند مبنای شناخت انسان قرار گیرند، زیرا آنها نتایج را از مشاهده های قابل تجربه کسب می کنند، در حالیکه نتایج باید از آگاهی ذهنی انسان که همواره نسبت به هر پدیده ای وجود دارد، حاصل شود. افراد با شهود و دریافت مستقیم، پدیده ها را درک می کنند و به ماهیت اشیاء، اعمال و تجربه ها واقف می شوند. بدین ترتیب منطق مطالعات علوم طبیعی برای بررسی اعمال انسان که بسیار پیچیده، ذهنی، و غیرقابل پیش بینی است مفید نمی باشد. برای توصیف علت رفتارهای آدمی باید قصد و نیت و منطق اعمال او را شناخت. اما با غلبه تفکرات اثبات گرا و تحصلی و ظهور مکتب مدرنیسم و برخی کامیابیهای فناوری از قبل آنها، دایره شیوه های تجربی و روشهای علوم طبیعی گسترش یافته و انسان و سازمان را نیز در بر گرفته است. عملی بودن و سادگی استفاده از این شیوه ها، کاستی ها و نقایص آنها را پوشیده داشته و موجب اشاعه آنها نزد پژوهشگران سازمان و مدیریت شده است. بطوریکه اغلب پژوهشهای مدیریتی و مطالعات رهبری سازمانی به کمک شیوه های تجربی، از علوم طبیعی گرفته شده است و نقد چندانی نیز در مورد آنها انجام نگرفته است.