با توجه به اهمیت فعالیتهای تحقیق و توسعه برای اعتلای صنعتی کشورها و نقشی که در ایجاد ارزش افزوده صنعتی و دستیابی به نوآوری تکنولوژیکی دارند، ضرورت تأمین و بهره برداری اثر بخش از واحدهای تحقیق و توسعه حتمی است. برای ارتقا اثربخشی واحدهای تحقیق و توسعه طراحی ساختار سازمانی مناسب و تخصیص جایگاه و شأن مناسب برای واحدهای تحقیق و توسعه در کارخانجات یکی از ضروریات است. در این مقاله ضمن برشمردن انواع الگوهای سازماندهی واحدها و تشریح مزایا، محدودیتها و ویژگیهای آن به صورت مقایسه ای، به توصیف وضعیت ساختاری 99 واحد تحقیق و توسعه کشور که در صنایع کوچک، متوسط و بزرگ که در حال حاضر مشغول فعالیت هستند، پرداخته ایم. سپس از مقایسه ادبیات موضوع و ویژگیهای مطرح برای صنایع کوچک، متوسط و بزرگ کشور پرداخته ایم و سرانجام نتیجه گیری نموده ایم که طراحی الگوی سازماندهی یک فعالیت تخصصی است که با توجه به عوامل عمومی و اختصاصی مؤثر در آن برای هر واحد جداگانه باید طراحی شود.